Użytki ekologiczne uwzględnia się w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego i wprowadza do ewidencji gruntów.
W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Cisna znajduje się 46 użytków ekologicznych (5 na terenie obrębu leśnego Cisna, 41 na terenie obrębu leśnego Wetlina), uznanych stosownymi uchwałami Rady Gminy w Cisnej.
Istniejące użytki ekologiczne to podlegające procesom sukcesji grunty porolne, tereny podmokłe i torfowiskowe, przygrzbietowe łąki borówczyskowe oraz nasłonecznione skarpy. Stanowią one naturalne remizy ptactwa, ostoje zwierzyny, oraz miejsce występowania wielu rzadkich i chronionych roślin .

Projektowane użytki ekologiczne
W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Cisna znajduje się 39 projektowanych użytków ekologicznych (14 na terenie obrębu leśnego Cisna, 25 na terenie obrębu leśnego Wetlina). Wszystkie projektowane użytki ekologiczne ujęte są  Planie Ochrony Ciśniańsko-Wetlińskiego Parku Krajobrazowego.
Projektowane użytki ekologiczne to głównie ciekawe utwory fizjograficzne (spadziste zbocza, osuwiska, wychodnie skalne), sklasyfikowane jako grunty nieleśne. Pozostałe obiekty stanowią grunty leśne nie zalesione: podlegające procesom sukcesji śródleśne polany oraz tereny podmokłe i bagienne Stanowią one naturalne remizy ptactwa i ostoje zwierzyny, oraz miejsce występowania wielu rzadkich i chronionych roślin .