W ciągu ostatnich pięciu lat w Nadleśnictwie Cisna były prowadzone następujące programy badawcze:

1. „Teledetekcyjne określanie biomasy drzewnej i zasobów węgla w lasach”- wykonywane przez konsorcjum IBL, Instytut Dendrologii PAN, Wydziały Leśne w Krakowie, Warszawie, Poznaniu, Instytut Technologii Drewna w Poznaniu, Instytut Geodezji i Kartografii w Warszawie
2. „Postępowanie ochronne w drzewostanach jodłowych zagrożonych przez owady i grzyby patogeniczne” – realizowany w latach 2013 – 2015 przez Instytut Badawczy Leśnictwa
3. „Ochrona ostoi karpackiej fauny puszczańskiej – korytarze migracyjne” – program prowadzony w latach 2012 – 2015 na obszarze 11 nadleśnictw oraz Bieszczadzkiego Parku Narodowego, Magurskiego Parku Narodowego i ich otulin.
4. „Program testowania potomstwa drzew leśnych w Polsce” – program od 2009r. wykonywany przez IBL.

Nadleśnictwo Cisna odostępniało również dane do następujących prac dyplomowych:

1. „Grzyby w edukacji przyrodniczo leśnej” – Malwina Lewandowska – SGGW w Warszawie
2. „Szlak edukacyjny rezerwatu florystycznego na terenie „Olszyny Łęgowej w Kalnicy”” – Magdalena Fecycz – wydz. Architektury Krajobrazu na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim
3. „Badanie efektywności wykorzystania oraz wpływ na środowisko leśne kolejki linowej do zrywki drewna, na przykładzie Nadleśnictwa Cisna” – Anna Skowrońska – PWSZ w Sanoku
4. „Harwestery pracujące na terenie Polski” – Jakub Samborski – Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie
5. „Analiza dynamiki liczebności populacji wilka w latach 2013 – 2017 na terenie wybranych nadleśnictw bieszczadzkich” – Martyna Majda – SGGW w Warszawie
6. „Występowanie żbików na terenie Europy środkowej” – Katarzyna Łopata – wydz. Zootechniki UR w Krakowie