Został on określony Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000. Powierzchnia obszaru wynosi 107 317,90 ha, a sprawującym nadzór jest wojewoda podkarpacki.
Teren Nadleśnictwa położony jest także w granicach projektowanego specjalnego obszaru ochrony siedlisk (SOO), wyodrębnionego na podstawie Załącznika I i II Dyrektywy Siedliskowej (dyrektywa Rady 1992/43/EWG zmodyfikowana dy-rektywą97/62/EWG w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory). Nazwa, kod i powierzchnia projektowanego specjalnego obszaru ochrony siedlisk są identyczne jak obszaru specjalnej ochrony ptaków, a ich granice w całości się pokrywają.

Obszary Natura 2000
Mając na uwadze zachowanie szczególnie cennych i zagrożonych wyginięciem składników lokalnych biocenoz oraz zachowanie różnorodności biologicznej danego regionu biogeograficznego, obejmuje się go ochroną w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000 (art. 26 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody).
Sieć obszarów Natura 2000 obejmuje:
•    Obszary Specjalnej Ochrony (OSO), wyznaczone na podstawie Dyrektywy Rady w sprawie ochrony dzikich ptaków, dla ochrony populacji dziko występujących ptaków jednego lub wielu gatunków, w granicach którego ptaki mają korzystne warunki bytowania w ciągu całego życia, w dowolnym jego okresie albo stadium rozwoju;
•    Specjalne Obszary Ochrony (SOO), wyznaczone na podstawie Dyrektywy Siedliskowej w celu trwałej ochrony siedlisk przyrodniczych albo populacji zagrożonych wyginięciem gatunków roślin i zwierząt, albo w celu odtworzenia właściwego stanu siedlisk lub stanu tych populacji.
Wyznaczenie obszaru Natura 2000, zmiana jego granic lub likwidacja następuje w drodze rozporządzenia Ministra Środowiska. Nadleśnictwo Cisna leży w granicach 2 obszarów sieci Natura 2000:
•    ustanowionego obszaru specjalnej ochrony ptaków (OSO) o nazwie „Bieszczady" (kod PLC 180001)
•    proponowanego specjalnego obszaru ochrony siedlisk (SOO) o identycznej nazwie i kodzie. Granice obydwu obszarów pokrywają się w całości.

Obszar specjalnej ochrony ptaków „Bieszczady" (kod obszaru PLC 180001)
Obszar ten został wyznaczony (wśród innych obszarów tego typu) Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków. Obejmuje powierzchnię 111519,50 ha na terenie gmin: Czarna, Lutowiska, Komańcza, Zagórz, Baligród, Cisna i Solina.
Standardowy Formularz Danych opracowany w marcu 2001 r. i zaktualizowany we wrześniu 2008 r. określa obszar jako ostoję ptasią o randze europejskiej E77. Wśród 150 gniazdujących tu gatunków ptaków , 38 wymieniono w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej, a 13 w Polskiej Czerwonej Księdze gatunków ginących i zagrożonych.
Projektowany specjalny obszar ochrony siedlisk „Bieszczady" (kod obszaru PLC 180001)
Obszar ten został zaproponowany w kwietniu 2004 r. jako OZW (obszar o znaczeniu wspólnotowym) i zatwierdzony decyzją Komisji Europejskiej jako OZW w styczniu 2008 r. Dla obszaru nie został opracowany dotąd plan ochrony.
Celem jego wyznaczenia jest trwała ochrona siedlisk przyrodniczych spośród wymienionych w Załączniku I oraz ochrona gatunków (i ich siedlisk) spośród wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej. Przedmiotami ochrony są tu siedliska przyrodnicze oraz gatunki zwierząt i roślin wymienione w SDF z oceną ogólną A, B lub C.
Większość typów siedlisk otrzymało ocenę ogólną A (11 typów). Ocenę B otrzymało 6 typów, a ocenę C 5 typów.
Pod względem powierzchniowym przeważają siedliska leśne (ok. 62% ogólnej powierzchni wszystkich siedlisk), najliczniej reprezentowanym typem siedliska jest żyzna buczyna (50% udziału).
Obszar stanowi jedną z najwartościowszych w Europie ostoi fauny puszczańskiej ze wszystkimi dużymi drapieżnikami (niedźwiedź, wilk, ryś). Występują tu liczne populacje wydry, węża Eskulapa i traszki karpackiej (endemit karpacki) oraz jedna z pięciu wolno żyjących populacji żubra. W faunie wodnej występuje około 700 gatunków zamieszkujących siedliska wodne i około 300 gatunków ziemnowodnych, wśród których 24 to endemity karpackie. Polska część Bieszczadów, zamieszkana przez wszystkie gatunki endemiczne północno-wschodniego regionu Karpat, stanowi zarazem zachodnią granicę ich zasięgu.
Bogata jest również flora roślin naczyniowych (1100 gatunków), obejmują-ca wiele rzadkich, chronionych prawnie gatunków. Występują tu najliczniejsze w Polsce populacje dzwonka piłkowanego i tocji karpackiej oraz 7 gatunków endemitów wschodniokarpackich. Wyjątkowo bogata jest bryoflora (około 1000 gatunków). Łącznie w omawianym obszarze stwierdzono występowanie 31 gatunków (w tym 5 priorytetowych) z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej.
Gatunki fauny i flory wymienione w Załączniku II Dyrektywy Rady 92/43/EWG występujące na terenie projektowanego SOOS "Bieszczady".